Los primeros pobladores se remontan a la Época Prehistórica, existen multitud de restos arqueológicos en el Cerro del Castillo. La época romana fue muy importante en estas tierras, como lo demuestran los restos sobre los que fue levantado el Castillo de la Duquesa o la Villa Romana de Sabinillas.
Durante la dominación musulmana, la población se sitúa en el interior, posiblemente escapando de los ataques de los piratas. En el siglo XVI pasa a pertenecer a los Duques de Arco, señores del Condado de Casares, que inician una repoblación de la zona.
En el siglo XVIII ya era una villa que contaba con una población importante y consigue independizarse de Casares. Su economía estaba ligada al cultivo de la vid y posterior producción de vinos y mostos. En el siglo XIX, durante la Guerra de Independencia, fue una de las pocas ciudades que no pudo ser invadida por Napoleón.
En el siglo XX el turismo pasa a formar parte de su vida diaria. Las playas y el patrimonio artístico y cultural que encierra Manilva la convierte en un excelente destino vacacional. Este aumento constante de turistas a contribuido a la mejora de todo su sector servicios.
